Die wichtigsten Projekte der Bürgerstiftung Lilienthal sind die Kinderakademie, die außerschulische Lernbetreuung, Lilienthal liest, das Kinderforschungszentrum „KaLis Werkstatt“ und Projekte zum Umwelt- und Naturschutz. Darüber hinaus gibt es weitere Aktivitäten zu Kunst, Kultur und Denkmalschutz.